Até ao início do século XX, as escolas de medicina nos Estados Unidos assemelhavam-se às actuais faculdades com fins lucrativos, tanto em termos de qualidade como de reputação. Não existiam normas comuns para o currículo ou para a matrícula. Muitas escolas nem sequer exigiam que os alunos tivessem um diploma do ensino secundário e só os programas de elite demoravam mais de um ano a concluir. Tudo isto mudou em 1910, quando o educador AbrahamFlexner publicou a sua exposição sobre o estado da educação médica do país.
Flexner foi contratado pela Fundação Carnegie para efetuar um estudo exaustivo de todas as escolas de medicina dos Estados Unidos e do Canadá. Segundo os historiadores Lynn Miller e Richard Weiss, o estudo foi financiado "secretamente" pela Associação Médica Americana, que tinha interesse em proteger as finanças dos seus médicos membros, limitando o número de novos médicos que entravam na profissão.
O Relatório Flexner foi muito claro nas suas críticas, afirmando que várias das escolas "não estavam em condições de dar qualquer contributo de valor" e considerou-as "irreparáveis".
A situação era particularmente desfavorável para as escolas de medicina negras. Os seus alunos chegavam despreparados para os estudos, porque não tinham acesso a um ensino secundário decente. As propinas eram substancialmente mais baixas do que a média das escolas de medicina, uma vez que a maioria dos estudantes não podia pagar propinas mais elevadas. Na falta de fundos, as escolas não podiam manter ou atualizar o seu equipamento ou instalações.
Na vaga de reformas que se seguiu, as 148 escolas de medicina do país foram reduzidas a sessenta e seis. Das sete escolas para afro-americanos, apenas duas se mantiveram de pé. Muitos dos críticos de Flexner "censuram-no por ter recomendado a manutenção de apenas duas escolas de medicina para negros", escrevem Miller e Weiss, "quando deveria ser óbvio que a maior parte dos cuidados para os cerca de 10 milhões de afro-americanos não era necessária".Os americanos recorreriam a prestadores de cuidados de saúde negros".
Miller e Weiss referem que as verdadeiras intenções de Flexner eram "desconhecidas", mas sugerem que, na realidade, Flexner apoiava de certa forma as escolas médicas negras e defendia que estas deviam ter os mesmos padrões que as escolas brancas, tendo em conta as suas desvantagens em termos de financiamento e recursos.Os americanos, principalmente porque a Associação Médica Americana utilizou o relatório para promover uma agenda que protegia os interesses profissionais e financeiros dos seus membros (brancos e do sexo masculino).
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O sistema de formação médica que conhecemos atualmente (quatro anos de estudos pré-graduados, mais quatro anos de escola médica, mais um estágio e anos adicionais de formação para especialização) é o resultado direto do Relatório Flexner e das reformas que se lhe seguiram.
Em 2008, quase um século depois do Relatório Flexner, a AMA pediu formalmente desculpa pela "sua história passada de desigualdade racial em relação aos médicos afro-americanos". Mas os efeitos do relatório sobre a desigualdade nos cuidados de saúde persistiram: atualmente, menos de quatro por cento dos médicos americanos em exercício são negros. Mais de 80% deles receberam a sua formação no Meharry Medical College ou na Howard University, as duasescolas médicas negras que sobreviveram à era Flexner.