Quando o microscópio foi inventado, era uma novidade. Os primeiros exemplos eram chamados de óculos para pulgas ou moscas, uma vez que ampliavam esses pequenos insectos para o que parecia ser um grande tamanho na altura. Mas os cientistas não aceitaram prontamente a nova tecnologia.

A bióloga Clara Sue Ball analisa a razão pela qual "a história inicial do microscópio composto revela uma curiosa falta de interesse dos cientistas pelas possibilidades do novo instrumento".

Os primeiros microscópios compostos datam de 1590.

Os primeiros microscópios compostos datam de 1590. Estes dispositivos utilizam mais do que uma lente, um passo acima da maioria das lentes de aumento simples ou óculos. O verdadeiro inventor é contestado porque havia várias pessoas a trabalhar neles, mas a equipa de pai e filho Hans e Zacharias Jensen é geralmente creditada.

A palavra "microscópio" apareceu pela primeira vez na imprensa em 1625. No entanto, como escreve Ball, não foi feita "nenhuma utilização verdadeiramente científica do microscópio" até 1661, quando Marcello Malpighi descobriu capilares no pulmão seco de uma rã. O seu trabalho teria sido impossível sem um microscópio. O famoso livro de Robert Hooke Micrografia de 1665, com as suas ilustrações sumptuosas de coisas minúsculas, confirmou a importância da nova tecnologia para a observação.

Foi o holandês Antony Van Leeuwenhoek que utilizou o microscópio para começar a fazer descobertas, e não apenas para obter imagens maiores das coisas. O comerciante começou a fabricar as suas próprias lentes, que tinham uma ampliação de até 300X, um enorme salto de potência em relação à maioria dos dispositivos anteriores, os melhores dos quais se situavam entre 20-30 x em tamanho real. A sua curiosidade também era grande. É-lhe atribuída a descoberta de bactérias, protistas,Examinou e desenhou os "animalcules" (do latim para "pequenos animais") do seu próprio sémen após o sexo (a opinião da Sra. van Leeuwenhoek sobre este famoso acontecimento não parece ter sido relatada).

Sobre a placa bacteriana nos seus dentes, van Leeuwenhoek observou que as bactérias se moviam "muito bem" na saliva, um tipo que se movia "como um lúcio na água".

Assim, cerca de setenta anos separaram a invenção do microscópio e "qualquer trabalho sistemático de grande e duradouro valor científico". Ball atribui este facto à primitividade dos primeiros microscópios, que eram muito difíceis de utilizar. Talvez mais importante, ela argumenta que as ciências biológicas em desenvolvimento, especialmente a botânica e a anatomia - que mais tarde beneficiariam tanto com a ampliação - não eramsuficientemente avançado para perceber "o significado das observações feitas".

Se as pessoas estivessem preparadas, será que a tecnologia teria sido mais desenvolvida? É de notar que van Leeuwenhoek era completamente desconhecido: não tinha qualquer formação em filosofia natural/história natural, como as ciências eram então designadas. O "pai da microbiologia" era completamente autodidata. No contexto de uma rica tradição holandesa de fabrico de vidro, aperfeiçoou as suas próprias lentes, moendo-as e polindo-as ele próprio.Os microscópios nem sequer eram do tipo composto utilizado por outros; eram dispositivos de lente única, basicamente lupas extraordinárias. Nunca publicou um livro; o registo do seu trabalho está na sua correspondência com a Royal Society.

Os microscópios compostos acabaram por ultrapassar os aparelhos de van Leeuwenhoek e, na década de 1850, eram tanto o equipamento científico normal nos laboratórios como um recurso pedagógico e de entretenimento nas casas da classe média vitoriana, onde os animais ganhavam vida própria.